สภาพภูมิอากาศของไบคาลนั้นอบอุ่นกว่าพื้นที่โดยรอบมาก อุณหภูมิอากาศฤดูหนาวเฉลี่ย −6 °F (−21 °C) และอุณหภูมิเดือนสิงหาคมเฉลี่ย 52 °F (11 °C) ทะเลสาบไบคาล พื้นผิวทะเลสาบกลายเป็นน้ำแข็งในเดือนมกราคม และละลายในเดือนพฤษภาคมหรือมิถุนายน อุณหภูมิของน้ำที่ผิวน้ำในเดือนสิงหาคมอยู่ระหว่าง 50 ถึง 54 °F (10 และ 12 °C) และสูงถึง 68 °F (20 °C) ในบริเวณน้ำตื้นนอกชายฝั่ง คลื่นอาจสูงถึง 15 ฟุต (4.6 เมตร) น้ำใสมาก จากพื้นผิวเราสามารถมองเห็นได้ไกลถึง 130 ฟุต (40 เมตร) มีความเค็มต่ำและมีแร่ธาตุน้อย พืชและสัตว์ในทะเลสาบอุดมสมบูรณ์และหลากหลาย มีสัตว์ประมาณ 1,500 ถึง 1,800 สายพันธุ์ที่ระดับความลึกต่างกัน และมีพืชหลายร้อยชนิดอาศัยอยู่บนหรือใกล้พื้นผิว ส่วนใหญ่เป็นพันธุ์ประจำถิ่นของไบคาล ปลามีประมาณ 50 สายพันธุ์