ฟลาโวนอยด์ได้มาจากฟีนิลอะลานีน เร่งปฏิกิริยาโดยฟีนิลอะลานีนแอมโมเนียไลเอส (PAL) จากนั้นถูกสื่อกลางโดยขั้นตอนทั่วไปด้วยคาลโคนซินเทส (CHS), ฟลาโวโนน 3-ไฮดรอกซีเลส (F3H) และไหลเข้าสู่การสังเคราะห์แอนโธไซยานินโดยไดไฮโดรฟลาโวนอล 4-รีดักเตส (DFR), แอนโธไซยานิดินซินเทส (ANS) และ UDP-กลูโคส ฟลาโวนอยด์ 3- โอกลูโคซิลทรานสเฟอเรส (UFGT) ไหลเข้าสู่การสังเคราะห์ฟลาโวนอลโดยฟลาโวนอลซินเทส (FLS) ตาม F3H หรือไหลเข้าสู่การสังเคราะห์ทางชีวภาพของโปรแอนโทไซยาดินโดยผ่านแอนโธไซยานิดิน รีดักเตส (ANR) ตาม ANS  ยีนที่เกี่ยวข้องกับ ดอกฝ้าย ฟลาโวนอยด์ส่วนใหญ่มีการควบคุมร่วมและการแสดงออกร่วมในพืช การแสดงออกของยีนเหล่านี้ส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับแสงในขณะที่กลไกอิสระของแสงที่ส่งผลต่อการสังเคราะห์ทางชีวภาพของฟลาโวนอยด์ก็ถูกสังเกตเช่นกัฝ้าย ( Gossypium spp. ) ประกอบด้วยประมาณ 50 ชนิด รวมทั้งประมาณ 5 ชนิด allotetraploid และ 45 ชนิดซ้ำ[33 ] ความหลากหลายทางฟีโนไทป์มีอยู่มากมายในสายพันธุ์เหล่านี้ ซึ่งความหลากหลายของสีดอกไม้เป็นสิ่งที่ชัดเจนกว่า และความหลากหลายของสีก็ถูกนำมาใช้ในการศึกษาทางพันธุกรรมสมัยใหม่ด้วย[ 34] การศึกษาทางชีวเคมีของสีดอกฝ้ายมีประวัติศาสตร์ยาวนานกว่าศตวรรษ[35 ] สีของดอกฝ้ายเกิดจากผลของทั้งฟลาโวนอลและแอนโทไซยา