การพัฒนาออร์กานอยด์ในลำไส้จากเซลล์ต้นกำเนิดในลำไส้ผู้ใหญ่ตัวเดียวในหลอดทดลองทำให้เกิดความสามารถในการสร้างใหม่ของเยื่อบุผิวในลำไส้1 , 2. ที่นี่เราจะคลี่คลายกลไกที่ควบคุมทั้งการสร้างออร์กานอยด์และการสร้างเนื้อเยื่อในลำไส้โดยใช้หน้าจอที่เป็นภาพเพื่อตรวจสอบไลบรารีของสารประกอบที่มีคำอธิบายประกอบ เราสร้างโปรไฟล์คุณลักษณะหลายตัวแปรสำหรับ organoids หลายแสนตัวเพื่ออธิบายเชิงปริมาณในเชิงปริมาณ จากนั้นเราใช้ลายนิ้วมือฟีโนไทป์เหล่านี้เพื่อสรุปปฏิสัมพันธ์ทางพันธุกรรมตามกฎข้อบังคับสร้างแนวทางใหม่ในการทำแผนที่ปฏิสัมพันธ์ทางพันธุกรรมในระบบที่เกิดขึ้นใหม่ สิ่งนี้ช่วยให้เราสามารถระบุยีนที่ควบคุมการเปลี่ยนชะตากรรมของเซลล์และรักษาสมดุลระหว่างการงอกใหม่และสภาวะสมดุลโดยเผยให้เห็นบทบาทที่ไม่รู้จักก่อนหน้านี้สำหรับหลาย ๆ เส้นทางรวมถึงการส่งสัญญาณกรดเรติโนอิก จากนั้นเราจะอธิบายถึงบทบาทที่สำคัญสำหรับตัวรับนิวเคลียร์ของกรดเรติโนอิกในการควบคุมการออกจากสถานะการสร้างใหม่และการขับความแตกต่างของเอนเทอโรไซต์ ด้วยการรวมการถ่ายภาพเชิงปริมาณเข้ากับการจัดลำดับ RNA เราแสดงให้เห็นถึงบทบาทของเมแทบอลิซึมของกรดเรติโนอิกจากภายนอกในการเริ่มต้นโปรแกรมการถอดเสียงซึ่งเป็นแนวทางในการเปลี่ยนเซลล์ - ชะตากรรมของเยื่อบุผิวในลำไส้และเราระบุตัวยับยั้งของตัวรับเรตินอยด์ X ที่ช่วยปรับปรุงการสร้างใหม่ของลำไส้ในร่างกาย

ความพร้อมของข้อมูล

ข้อมูล RNA-seq ทั้งหมดที่สร้างขึ้นที่นี่ (ข้อมูล RNA-seq จำนวนมาก (การบำบัดแบบผสมในวันที่ 3) ข้อมูล RNA-seq จำนวนมาก (การบำบัดแบบผสมในวันที่ 0) และข้อมูล RNA-seq เซลล์เดียว) มีอยู่ที่ GEO ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติGSE147136 RXR antagonist ที่ใช้ที่นี่ (Cpd2170) มีจำหน่ายผ่านข้อตกลงการถ่ายโอนวัสดุ (MTA) กับ Novartis แหล่งข้อมูลสำหรับตัวเลขต่อไปนี้มีอยู่ในไฟล์ต้นฉบับ: Figs 1 a, b, 2 a, f, 3a – d, f, gและ Extended data Figs 1 c – i, 2 a – h, 3 a – f, 4 b – d, i, j, 5 b, j – l, 6 b, c, 7 b, d – g, i, 8 a – l,9ก, ข, ฉ, ก, 10b, จ, ฉ, ซ . ชุดยีนที่ใช้สำหรับการแสดงในรูป. 3Eและขยายข้อมูลรูป. 9c-E, กรัมมีไว้ในเสริมตารางที่2  แหล่งข้อมูลที่มีให้กับบทความนี้

ความพร้อมใช้งานของรหัส

รหัสที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์ภาพได้รับการพัฒนาในห้องปฏิบัติการ Liberali โดยใช้ MATLAB และ Python 3 การแบ่งกลุ่มสำหรับหน้าจอที่ใช้รูปภาพดำเนินการโดยใช้รหัสที่พัฒนาในห้องปฏิบัติการ Liberali ใน MATLAB และมีอยู่ที่https://github.com/fmi- บาเซิล สำหรับการแบ่งส่วน organoid สองมิติและการสกัดคุณลักษณะในการตรวจอื่น ๆ ที่มีอยู่ในhttps://github.com/fmi-basel/glib-nature2018-materials

สนับสนุนโดย บุหรี่ไฟฟ้า kspodsmoke